如何查看一段序列的蛋白质结构
1. 首先,根据所获得基因序列在上查找相关的阅读框
2. 选择ORF1后进行
接点击下载相关序列,获得的相关序列后在
上同源比对,上传后直接build model即可。
3.
比对后,可以直接下载pdb文件,也可以在邮箱中把整套文件下下来。Pdb文件可以用swiss-pdbviewer直接打开查看,可以看到该蛋白序列的3d简单的结构,在这里可以对蛋白质进行各种调试和修改,具体个人慢慢摸索即可。
3. 在这里我们可以利用软件查找蛋白质结构上的位点,在edit-searcher for parasite patterns
即可得到该蛋
白质所含的位点。在wind,将control panel调出来后,点击proslist的相关位点就可以查看其在蛋白质中的位置以及在序列的位置。
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