DNA甲基化检测
1. DNA甲基化检测: Southern Blot杂交, Bisulfite Sequencing and
McrBC-PCR
a) Southern Blot
将从四周左右大小拟南芥的莲座叶中提取的DNA,用对甲基化修饰敏感的限制性内切酶酶切后于0.8%琼脂糖凝胶中电泳,参照丁勇师兄总结的方法(具体步骤见下),用湿转法将其转至尼龙膜上,80度真空烤2小时,与探针于65°C杂交16-20小时,经严谨性洗膜后用Phosphoimager进行分析。
PCR primers for amplifying probes:
Promoter of FLC
FLC-P75: CGAGCAAAGGAATGCAAATT
FLC-P42: TTGTGCCTATCTACTTTTTC
hAT Element within MPF
Ty3-p1: ACAATAAAAT GATAATAGTA AGGC
Ty3-p2: CTCACGTTAGTCATGGGTAG
1) 基因组DNA用限制性内切酶酶切后于是0.8%琼脂糖凝胶中电泳,电泳胶图
经凝胶成像集后,将胶于变性液中(1.5M NaCl, 0.5M NAOH)变性45min,再将胶于中和液中(1M TisCL,1.5M NaCl)中和45min。
2) 采用半干转移法用20×SSC为转膜液,将基因组转至尼龙膜上,用紫外交联
器分别交联系30秒,并在80℃下真空干燥2小时。
3) DNA探针用Klenow酶标记,方法为:模板:100-200μg,Random primer:1μl
(500 ng/μl),5mM dNTP(不含有dCTP): 2μl,用ddH2O补齐为10μl. 99℃变性3-5分钟。冰上放置3分钟。10×Klenow buffer: 2μl,P 32dCTP: 3 μl, Klenow: 2μl,于37℃中放置1小时。再将探针于99℃变性3分钟,冰上放置3分钟后加入杂交管中。
4) 65℃杂交过夜,经2×SSC,0.1%SDS,洗膜两次,每次数10分钟;0.1×SSC,
0.1%SDS,洗膜两次,每次数10分钟后,用Typhoon 8600(Amersham pharmcia biotech)进行扫描。
变性液:1.5M NaCl, 0.5M NaOH
中和液:1M Tris, 1.5M NaCl, pH调至7.2
杂交液:0.5M磷酸钠缓冲液,pH 7.2,7% SDS, 10mMEDTA。
b) Bisulfite Sequencing
Bisulfite sequencing完全按照Steve Jacobsen实验室的protocol操作,注意DNA的纯度一定要高,否则可能影响后续的酶切以及Bisulfite处理。
1) 取植物基因组2μg以上,用两种的限制性内切酶(选择不切检测区域内部的)
大于100μl体系过夜酶切,等体积的酚/氯仿抽提,加入2μl糖原和1/10体积NaOAC助沉,3.5倍体积的乙醇沉淀。13000 rpm离心15分钟,70% EtOH洗涤沉淀。
2) 离心后将沉淀溶于20μl体积的水中,转移到500μl小管中(以下加热步骤均
在PCR仪上完成,Eppendorf白头)于97℃5分钟后,暂停PCR仪,冰上放置2分钟。
3) 加入新鲜配置的1μl6.3M的NaOH后,于39℃处理30分钟,暂停PCR仪,
加入208μl的bisulfite solution变性。
4) 变性处理:55℃ 3 小时、95℃ 5分钟,进行5个循环,最后55℃1小时。
5) 将经过处理的产物利用Qiagen PCR purification Columns去盐,100μl EB洗
脱。加入终浓度为0.3M的NaOH (5μl 6.3M NaOH),37℃度处理15分钟。
6) 经过处理后的DNA,加入3.5倍体积的乙醇,2μl糖原,1/10体积NaOAC
沉淀。13000 rpm离心15分钟,70% EtOH洗涤沉淀。
7) 离心后样品溶于100 μl 的TE 溶液 (10 mM Tris-HCl and 1 mM EDTA, pH
8.0)。
8) 以处理的DNA样品为模板,用特殊设计的BS专用引物扩增,将扩增后的
产物连入pGEM-T载体中,转化DH5α后,挑取单克隆,提取质粒后测序并统计。
试剂配制:
Bisulfite solution: 40.5克的亚硫酸钠 (Fisher S654-500) 溶于80 ml的水中, 将pH调至5.1,后加入3.3 ml 20 mM的对苯二酚(Sigma-Aldrich H-9003),再将
体积定溶到 100 ml。
Primers for Bisulfite Sequencing at FLC (changed nucleotides from C to T or G to A are shown as lowercases).
B1 f (CX1582): TTTGAAAGTttATGAAAATtATTTGGTTAGTAtTtAAT
B1 r (CX1584): AATTaaATTaTATTTACCACAAAAaTaTACTTATAA
B2 f (CX1635): GTGTTGtAAAATtGTAAATTtAATtTAATtTTATGGG
B2 r (CX1637): CTTaCAAATCAaATCAATAaTTAAACAAAAaTAAAaAACATT
B3 f (CX1640): GAGTAAAATAAttTTAGTTtAAAAtATTAGATATGTAATGG
B3 r (CX1642): TTTaTTAAAAAATaTTATATTAaACACTTaAAAaaTaAaaC
B4 f (CX2051): AAAATTtAAATtATGTTAGATAAAtAAAAAAAAATTTG
B4 r (CX2053): CCACTaaAAACTATaAAACATTaAaAAAACACCTTACC
No.10 locus f (CX2352): TTGAtGttTTTGAGAGAtATGGAATtTTGTGTTTTGTAG No.10 locus r (CX2353): CACTCTAaCaCTTCCTTCCACTCCATaATCTaATCTCCTC B1 degenerated primers are used for the analysis in Col x Ler F1 heterozygous plants B1 degenerate f (CX2412): TTTGAAAGTYYATGAAAATYATTTGGTYAGTAYTYAAT B1 degenerate r (CX2413): AATTRRATTRTATTTACCACAAAARTRTACTTATAA The BS AtSN1 primers had been previously described (Zilberman et al., 2003). c) McrBC-PCR
McrBC可以切割甲基化的DNA序列,因此可以用来很灵敏的检测目标区域是否发生了DNA甲基化 (Ding et al., 2007; Rabinowicz et al., 2003),本文中与real-time PCR技术相结合使用更近一步提高了结果的灵敏度和可靠性。此方法与Southern和Bisulfite sequencing相比较,DNA用量非常小而且操作简洁,周期短,因此强烈推荐作为甲基化状态初步检测的手段。以拟南芥为例,四周左右大小的一片莲座叶所提取的DNA,溶于50μl水中,只需取0.3~0.5μl进行McrBC酶切即可,酶切后的产物取2μl直接进行PCR(与不加McrBC的对照组一起),注意在PCR时控制扩增保持在对数期内(real-time则无需考虑此问题)。
以下为一50μl的酶切体系示例:
10 x NEB buffer 2: 5μl
100 x BSA 100 x GTP DNA 模板 McrBC酶
水 0.5μl 0.5μl 0.3μl 0.5μl(对照组加水) 43.2μl
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